对于过去的事业活动造成的土壤、地下水污染，为了尽早完成净化，村田先于其他公司进行调查、处理，采取积极的应对措施。具体来说，1989年基于水质污染防止法禁止渗透到地下的相关规定出台时，22个生产基地中的17个已停止使用，并于1998年实现了属于禁止对象的含氯有机溶剂（三氯乙烯等5类）的完全废止。

另外，从1991年开始，村田自主引进了最新技术，实施了详细的土壤、地下水污染调查。调查结果表明，36家事业所、子公司中，因使用含氯有机溶剂而需进行净化的有14家。

在污染浓度比较高的事业所、子公司，为了尽早完成净化，除了现有的净化对策外，村田还引进了新技术，积极采取新的净化对策。截止到2005年度，已在7家事业所、子公司中采取了净化促进对策。净化促进方法为根据土壤的性质、污染浓度、污染源位置，分别采用原位置生物法、原位置铁粉法、原位置氧化分解法这3种方法。

针对根据自行调查的结果，需要进行净化的14家事业所、子公司的地下水净化情况，村田在其厂区边挖设水井，测定三氯乙烯与顺式-1,2-二氯乙烯的相关数据。截止到2005年度，经确认，有2处已经完成了净化，1处已停用净化装置，进入了确认净化是否完成的阶段。虽然一部分事业所出现了一些允许范围内的变动，但总体仍呈减少趋势，净化工作正在逐步进展。

净化完成前需要大笔费用，在企业财务统计时，村田计算污染净化对策完成前所需的所有费用，并将其计入负债项。